Koszty inwestycyjne są porównywalne, oczywiście pod warunkiem podjęcia decyzji o wyposażeniu domu w rekuperator na etapie projektowania budynku. Rezygnacja z kominów wentylacyjnych, kominków dachowych, zmniejszenie systemu CO niemal o połowę oraz zastosowanie tańszych okien bez mikrowentylacji w większości wypadków pokryje koszty systemu wentylacji z rekuperatorem dobrej klasy.
W niektórych wypadkach odpowiednie planowanie pozwoli na obniżenie kosztów systemu wentylacji mechanicznej do poziomu niższego, niż wykonanie tradycyjnej wentylacji grawitacyjnej.
Bez porównania będą także koszty ogrzewania i komfort: zgodnie z przepisami obowiązującymi od stycznia 2009 r. w przypadku wentylacji grawitacyjnej lub mechanicznej wywiewnej powietrze zewnętrzne musi być dostarczane za pomocą odpowiednich nawiewników zamontowanych w oknach lub ścianach.
Niedopuszczalne jest wówczas stosowanie tzw. mikrowentylacji czy przytaczanie argumentu tzw. "oddychających ścian", jakiego używają producenci niektórych typów domów. Nawiew powietrza zewnętrznego powinien więc zostać zapewniony w ilości odpowiedniej do zapotrzebowania budynku - czyli analogicznie do ilości powietrza wywiewnego przez kominy wentylacji grawitacyjnej. Bo tyle właśnie świeżego powietrza musi zostać dostarczone przez nawiewniki ścienne. System taki zapewni odpowiednią ilość świeżego powietrza, spowoduje jednak silne wychłodzenie wentylowanych pomieszczeń zimą.
Znacznie lepszy komfort klimatyczny zapewni wyłącznie wentylacja nawiewno-wywiewna z odzyskiem ciepła.
