Odpowiednią dawkę mikroorganizmów (zaszczepiającą) wprowadza się przed rozruchem oczyszczalni przydomowej, szczególnie ze stopniem biologicznym (złoże lub osad czynny). Taki biopreparat nosi nazwę bioaktywatora i jest wprowadzany do urządzeń sanitarnych oraz do komory napowietrzania. Wprowadzone mikroorganizmy rozwijają się dalej dzięki dopływowi ścieków.
Niektórzy producenci zalecają stosowanie biopreparatów podczas pracy oczyszczalni drenażowej. Wspomagają one rozkład ścieków w osadniku gnilnym (powstaje mniej piany, kożucha i osadu), a nie zakłócają pracy mikroorganizmów w części biologicznej. Podczas normalnej pracy oczyszczalni przydomowej opartej na osadzie czynnym lub złożu biologicznym, nie trzeba stosować biopreparatów - chyba, że zaleca to producent danej oczyszczalni. Inaczej, stosując biopreparaty spowodujemy przerost mikroorganizmów, co pogarsza skuteczność i wydajność oczyszczalni przydomowej.
Bioaktywatora można użyć w sytuacjach awaryjnych:
- większa liczba użytkowników - szczególnie przy oczyszczalni z osadem czynnym, wrażliwej na wahania ilości ścieków;
- stosowanie antybiotyków, dużej ilości środków chemicznych, szczególnie dezynfekujących;
- przerwa w działaniu oczyszczalni (np. przerwa w dostawie prądu);
- błędy w eksploatacji (nie wybierano osadu z osadnika gnilnego, nie czyszczono separatora tłuszczu, wprowadzono nadmiar oleju).
Każdorazowo należy przestrzegać wielkości dawki dla danego biopreparatu!